شورای عالی مالیاتی به عنوان مرجع عالی که دارای وظایف مهمی میباشد، تلقی میگردد و در برخی موارد به عنوان بازوی مشورتی رئیس کل سازمان امور مالیاتی یا وزیر امور اقتصادی و دارایی به شمار میآید.
شورای عالی مالیاتی مرکب از ۲۵ نفر عضو که از بین اشخاص صاحب نظر، مطلع و مجرب در امور حقوقی، اقتصادی، مالی، حسابداری و حسابرسی که حداقل دارای مدرک تحصیلی کارشناسی باشند به پیشنهاد رئیس کل سازمان امور مالیاتی و حکم وزیر امور اقتصادی و دارایی منصوب میگردند. ( ماده ۲۵۲ )
دوره عضویت اعضا سه سال میباشد و در این مدت قابل تغییر نیستند. ( ماده ۲۵۳ )
یکی از وظایف شورای عالی مالیاتی، رسیدگی به اعتراضات مؤدی و اداره امور مالیاتی نسبت به آرای قطعی هیأتهای حل اختلاف مالیاتی(به استثنای مواردی که رای هیات حل اختلاف مالیاتی بدوی با عدم اعتراض مودی یا مامور مالیاتی مربوط قطعیت یافته) است. ( ماده ۲۵۵ )
در این مورد شورای عالی مالیاتی دارای هشت شعبه میباشد و هر شعبه مرکب از سه عضو خواهد بود. ( ماده ۲۵۴ )
رسیدگی در شورای مالیاتی به صورت شکلی میباشد و در صورت نقض رأی هیأت حل اختلاف به هیأت دیگری ( هیات هم عرض ) ارجاع خواهد شد که هیأت مذکور مکلف است با رعایت نظر شورا عمل نماید. ( مواد ۲۵۶ و ۲۵۷ )
مؤدیان مالیاتی یا اداره امور مالیاتی میتوانند در صورت شکایت نسبت به آرای قطعی هیأت حل اختلاف مالیاتی از لحاظ عدم رعایت قوانین و مقررات موضوعه یا نقص رسیدگی، دعوای خود را ظرف یک ماه از تاریخ ابلاغ رأی قطعی هیأت، با اعلام دلایل کافی در شورای عالی مالیاتی اقامه نمایند. ( ماده ۲۵۱ )
شعبه مربوطه موظف است بدون ورود در ماهیت امر صرفاً از لحاظ رعایت تشریفات و کامل بودن رسیدگیهای قانونی و مطابقت مورد با قوانین موضوعه به موضوع رسیدگی کرده و با استناد به جهات و اسباب و دلایل قانونی رأی مقتضی بر نقض رأی هیأت حل اختلاف مالیاتی یا رد شکایت مزبور صادر کند. رأی شعبه با اکثریت آرا مناط اعتبار است. ( ماده ۲۵۶ )
در صورت نقض رأی در شعبه، پرونده امر جهت رسیدگی مجدد به هیأت حل اختلاف مالیاتی دیگر (هم عرض) ارجاع خواهد شد و در صورتی که در آن محل یک هیأت بیشتر نباشد به هیأت حل اختلاف مالیاتی نزدیکترین شهری که با محل مزبور در محدوده یک استان باشد، ارجاع میشود مرجع مزبور با رعایت نظر شعبه شورای عالی مالیاتی، به موضوع مورد اختلاف مجدداً رسیدگی و رأی صادر میکند. رأیی که بدین ترتیب صادر میشود، قطعی و لازم الاجرا است. ( ماده ۲۵۷ )
توجه داشته باشیم هرگاه مؤدی از رأی هیأت حل اختلاف مالیاتی به شورای عالی مالیاتی شکایت نماید بایستی به میزان مالیات مورد رأی وجه نقد یا تضمین بانکی سپرده یا وثیقه ملکی معرفی یا ضمان معتبر که اعتبار ضامن مورد قبول اداره امور مالیاتی باشد معرفی نماید در این صورت هیأت حل اختلاف مالیاتی تا صدور رأی شورای عالی مالیاتی موقوف الاجرا می‌ماند. ( ماده ۲۵۹ )
همچنین، در صورتی که شکایت مودی از سوی شعبه شورای عالی مالیاتی مردود اعلام شود؛ به میزان یک درصد تفاوت مالیات موضوع رای مورد شکایت و مالیات ابرازی مودی در اظهارنامه تسلیمی، هزینه رسیدگی تعلق خواهد گرفت که مودی مکلف به پرداخت آن است . ( تبصره ۶ ماده ۲۴۷ )
