نحوه برخورداری معافیت مالیاتی شرکتهای دانش بنیان به شرح ذیل می باشد:
مطابق آئین‌نامه اجرایی قانون حمایت از شرکتها و مؤسسات دانش‌بنیان و تجاری‌سازی نوآوریها و اختراعات، شرکتها و مؤسساتی که در زمینه «گسترش و کاربرد اختراع و نوآوری» و «تجاری‌سازی نتایج تحقیق و توسعه شامل (طراحی و تولید کالا و خدمات) در حوزه فناوریهای برتر و با ارزش افزوده بالا» فعال باشند، دانش‌بنیان محسوب می‌‌شوند.<strong>
براساس قانون حمایتی در نظر گرفته شده، درآمدهای مشمول مالیات شرکتها و مؤسسات دانش‌بنیان ناشی از قراردادها و فعالیتهای تحقیق و توسعه، تجاری‌سازی و تولید محصولات و خدمات دانش‌بنیان به مدت ۱۵ سال از مالیات موضوع ماده ۱۰۵ قانون مالیاتهای مستقیم معاف شدند. شرکتهای دانش بنیان چطور از معافیت مالیاتی استفاده کنند مطابق آئین‌نامه اجرایی قانون حمایت از شرکتها و مؤسسات دانش‌بنیان و تجاری‌سازی نوآوریها و اختراعات، شرکتها و مؤسساتی که در زمینه «گسترش و کاربرد اختراع و نوآوری» و «تجاری‌سازی نتایج تحقیق و توسعه شامل (طراحی و تولید کالا و خدمات) در حوزه فناوریهای برتر و با ارزش افزوده بالا» فعال باشند، دانش‌بنیان محسوب می‌‌شوند. این آئین‌نامه اجرایی با توجه به در نظر گرفتن شرایط معافیتهای مالیاتی و گمرکی برای شرکتهای دانش‌بنیان، در واقع حمایتی جامع‌نگرانه از سرمایه‌های این شرکتهاست. براساس قانون حمایتی در نظر گرفته شده، درآمدهای مشمول مالیات شرکتها و مؤسسات دانش‌بنیان ناشی از قراردادها و فعالیتهای تحقیق و توسعه، تجاری‌سازی و تولید محصولات و خدمات دانش‌بنیان به مدت ۱۵ سال از مالیات موضوع ماده ۱۰۵ قانون مالیاتهای مستقیم معاف شدند.
