مهمترین مشکلات حسابداری پروژه های پیمانکاری شامل موارد زیر است :
عدم پیاده سازی اصول تعریف شده سازمان حسابرسی در سیستم های حسابداری مانند استاندارد شماره ۹
عدم شناسایی اصولی درآمد در هنگام ارسال صورت وضعیت و در پی آن عدم اصلاحات مرتبط با پیش دریافت ها و صورت وضعیت های ارسالی
عدم هماهنگی بخش کنترل پروژه با بخش امور مالی در یکپارچه کردن مدل های تحریر و محاسبات فنی صورت وضعیت پیمان ها</strong>
مشکلات حسابداری پیمانکاری
عدم رسیدگی به موقع به روند ابطال ضمانت نامه ها در قراردادهای مختلف شرکت پیمانکاری
عدم پیاده سازی دقیق و استاندارد قوانین مناقصات کشور در امور پیمانها هم از طرف کارفرما و هم از طرف پیمانکار
عدم رسیدگی به موقع مفاصاحساب های بیمه تامین اجتماعی هر قرارداد به تفکیک
مشکلات حسابداری پیمانکاری
عدم برنامه ریزی برای ورود حسابرسان بیمه تامین اجتماعی سنوات قبل
عدم دریافت گواهینامه مالیات بر ارزش افزوده و عدم اعمال مبالغ الزامی این قانون در صورتحساب مربوط به صورت وضعیت ها
حسابداری پیمانکاری
عدم اجرای اصولی و منظم ماده ۱۶۹ مکرر در ارتباط با تمامی مستندات خرید، فروش و هزینه
اختلال در دریافت اعتبارات مالیاتی با پیمانکاران دست دوم
عدم استهلاک گیری قانونی از دارایی ها و تجهیزات پروژه ها
ایجاد تهاتر چند پروژه با هم در دریافت و پرداخت که وابسته به یک مالک و یک شرکت هستند
مشکلات حسابداری پیمانکاری
عدم پیاده سازی کنترل داخلی در خصوص انبارها در دفتر مرکزی و محل پروژه ها
عدم رسیدگی به محاسبات ضایعات عادی و غیر عادی
عدم هماهنگی معیارهای درج شده در اظهارنامه عملکرد سالیانه